Alerte épidémique Prise en charge des patients atteints de COVID (Coronavirus disease) -19 * Etat des connaissances

(Last Updated On: 10 mars 2020)

1- Virologie :

• Virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Coronaviridae, genre betacoronavirus
• Chez l’homme: six espèces de coronavirus connues

1. hCoV saisonniers: 220E, OC43, NL63, HKU1
2. CoV émergents à pathogénicité accrue

• SRAS -CoV: létalité de 10%
• MERS-CoV: létalité de 37%

• Le SARS-CoV-2 partage

1. 80% d’identité génétique avec le SRAS-CoV
2. 96% d’identité avec un virus de chauve-souris (Rhinolophusaffinis)

2- Épidémiologie :

• Taux de reproduction (R0)

• 2,2 à 3,28

• Ages patients (ans)

• Moyen: 55 (+/-13)
• Median: 59 [15-89]

• Temps de doublement

• 6,4 à 7,5 jours

• Actualisation permanente de la dynamique épidémique

• Page web dédiée COVID-19 de l’ECDC
• Cartographie de la John Hopkins University

3- Transmission :

• Transmission interhumaine
• Incubation moyenne: 5,2 jours

Professionnels de santé contaminés :

• N=1716; 247 sévères/critiques, 5 décès
• n=40; services de médecine (31), urgences (7), réanimation (2)
• Proportions augmentant dans le temps de 3% (1er au 11/01) à 7% (12 au 22/01)
• Cluster six membres, même famille à Wuhan:

• Deux membres, visite à l’hôpital d’un proche pour pneumonie; contamination de 4 autres membres:
• dont un enfant (7 ans) asymptomatique, anomalies radiologiques;
• et un autre enfant (10 ans), non contaminé (port de masque)

4- Protection :

• Précautions standard etcomplémentairesde type « air» et « contact» = précautions renforcées REB :

• SHA
• Masque de type FFP2
• Sur blouse à usage unique (imperméable si soins souillants)
• Gants non stériles à usage unique
• Lunettes de protection

• Patient suspect ou cas possible = chambre individuelle, porte fermée
• Cas confirmé = chambre individuelle, porte fermée, idéalement en pression négative

Élimination EPI en DASRI avant la sortie de la chambre, sauf pour les lunettes et l’APR qui seront retirés après la sortie de la chambre

5- Tableau clinique, biologique et imagerie :

Démographie :

• Age médian (ans) : 56
• Femme : 63 (46%)
• Comorbidités: 64 (46%)

• Cardiovasculaire : 27 (20%)
• Diabète : 14 (10%)
• Cancer : 10 (7%)

Biologie :

• Leucocytes (/mm3) : 4500
• Lymphocytes (/mm3) : 800
• LDH (U/L) : 261
• Procalcitonine (ng/mL) : 49

Clinique :

• Fièvre : 136 (99%)
• Toux : 82 (59%)
• Dyspnée : 43 (31%)
• Myalgies : 48 (35%)
• Odynophagie : 24 (11%)
• Diarrhée : 14 (10%)

Évolution :

• Admis USI : 36 (26%)
• SDRA : 27 (20%)
• Insuffisance rénale aigue : 5 (4%)
• Choc septique : 12 (9%)
• Guérison : 47 (34%)
• Décès : 14 (14%) ; 6 (4%)

Clinique, imagerie :

Évolution :

Traitement :

Traitements antiviraux :

• Patients traités:

• Oseltamivir: 124 (90%)

• Patients traités: 75 (76%)

• Oseltamivir
• Ganciclovir
• Lopinavir/ritonavir

Traitements antibiotiques :

• Patients traités:

• Moxifloxacine: 89 (64%)
• Ceftriaxone: 34 (25%)

• Patients traités: 70 (71%)

Traitements de support :

• Oxygénothérapie: 106 (77%)
• Ventilation mécanique

• Non invasive: 15 (11%)
• Invasive: 17 (12%)

• Dialyse: 2 (1%)
• ECMO: 4 (3%)

Évolution :

CDC Chinois, n = 72672

• Confirmés par PCR : 44672 (62%)
• Asymptomatique: 889 (1%)

Démographie :

• Age : (n = 44672)

• ≥80 ans: 1408 (3%)
• 30-79 ans: 38680 (87%)
• 20-29 ans: 3619 (8%)
• 10-19 ans: 549 (1%)
• <10 ans: 416 (1%)

• Homme :  22 981 (51%)

Clinique :

• Forme clinique: (n = 44415)

• Modérée: 36160 (81%)
• Grave: 6168 (14%)
• Critique: 2087 (5%)

Évolution

• Décès

• Total: 2.3% (1023/44672)
• Age ≥80: 14.8% (208/1408)
• Age 70-79: 8.0% (312/3918)
• Forme clinique critique: 49.0% (1023/2087)

• Professionnels de santé N=1716 (3,8%)

• Wuhan: 63% (n=1080)
• Formes graves ou critiques: 14% (n=247)
• Décès: 0,3% (n=5)

Critique :

Étude monocentrique, rétrospective, unité de soins intensifs, n = 52

Démographie :

•Age moyen (ans) : 59,7 (+/-13,3)

•Homme : 35 (67%)

• Comorbidités: 21 (40%)

• cardiaque : 5 (10%)
• respiratoire : 4 (8%)
• cérébro-vasculaire: 7 (13,5%)
• diabète : 9 (17%)
• cancer : 2 (4%)

Clinique :

• Fièvre : 51 (98%)
• Toux : 40 (77%)
• Dyspnée : 33 (64%)
• Malaise: 18 (35%)
• Myalgies : 6 (12%)
• Rhinorrhée : 3 (6%)

Imagerie :

• Pneumopathie bilatérale :  52 (100%)
• Délais médians entre début des signes cliniques et:

• diagnostic de pneumopathie: 5 (IQR 3-7)
• admission en USI: 9,5 (IQR 7-12,5)

Gravité :

• Score APACHE II: 17 (IQR14-19)
• SDRA: 35 (67%)
• Insuffisance rénale aiguë : 15 (29%)
• Insuffisance cardiaque: 12 (23%)
• Insuffisance hépatique: 15 (29%)
• Choc septique : 12 (9%)

Traitement :

• VNI: 29 (56%)
• Intubation: 22 (42%)
• Décubitus ventral: 6 (12%)
• ECMO: 6 (12%)
• Antiviraux (anti-COVID -19) : 23 (44%)
• Antibiotiques: 49 (94%)
• Corticoïdes: 30 (58%)
• Immunoglobulines: 28 (54%)

Évolution :

• Décès: 32 (62%)
• Guérison: 8 (15%)

Synthèse :

• Patients atteints de COVID-19
• Signes cliniques les plus fréquents: fièvre, toux, dyspnée
• Signes radiologiques: foyers de condensation et infiltrats extensifs
• Formes bénignes les plus fréquentes ; graves ou critiques: 15 à 20%
• Possible aggravation  secondaire, vers J8-J9 (dyspnée –SDRA)
• Issue fatale: décès 2% à 14%(selon études)

6- Prise en charge :

Fiche “Information pour les SAMU et autres soignants de 1ère ligne -COREB” actualisée régulièrement sur le site COREB à consulter ici

Du patient suspect REB au cas confirmé… ou exclu

Du patient suspect REB au cas confirmé… ou exclu

7- Prélèvements :

Professionnels des anté effectuant lesprélèvements : équipement de protection individuelle (EPI)

Type de prélèvements respiratoires	Matériel de collection
Écouvillon nasopharyngé et oropharyngé	Écouvillons floqués en dacron ou polyester
Lavage Broncho alvéolaire	Récipient stérile
Aspiration trachéale, aspiration nasopharyngée ou lavage nasal	Récipient stérile
Expectoration	Récipient stérile

 

Température de transport : 4C – Durée de stockage jusqu’à réalisation du test: Si ≤5 jours: 4 C, si >5 jours: 70 C

SARS-CoV-2 : Agent biologique du groupe 2, nécessitant un triple emballage:

• Un ou plusieurs récipients primaires étanches
• Un emballage secondaire étanche
• Un emballage extérieur rigide

A noter le virus peut être présent dans les selles, urines…

PCR SARS-CoV-2 négative, selon condition, peut nécessiter vérification

8- Traitements SRAS-CoV,  MERS-CoV :

• Lopinavir-ritonavir+Ribavirine:

• SRAS-CoV: 41 patients infectés, traités pendant 21 jours, amélioration clinique des sujets traités
• MERS-CoV: 76 patients infectés, étude en cours (MIRACLE), Arabie Saoudite

• Remdesivir (RDV): Antiviral large spectre

1. Modèle du virus de l’hépatite murine (β-coronavirus) : inhibition de la réplication virale in vitro
2. MERS-CoV: remdesiviractivité supérieure au LPVrin vitro

9- Références :

1. Na Zhu et al. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. NEJM –24 jan2020 https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2001017
2. Wu Z et al. Characteristics of and Important Lessons From the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Outbreak in China: Summary of a Report of 72314 Cases From the Chinese Center for Disease Control and Prevention. JAMA –24 Feb 2020
3. Liu Y et al. The reproductive number of COVID-19 is higher compared to SARS coronavirus. J Travel Med –13 Fev2020
4. Imperial College London. Report 3: Estimating the potential total number of novel coronavirus cases in Wuhan City, China. 22 Jan2020  https://www.imperial.ac.uk/media/imperial-college/medicine/sph/ide/gida-fellowships/Imperial-2019-nCoV-transmissibility.pdf
5. Wu JT et al. Nowcastingand forecasting the potential domestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating in Wuhan, China: a modelling study. Lancet. 2020 Jan 31 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0140673620302609?via%3Dihub
6. QunLi et al. Early Transmission Dynamics in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia. NEJM –29 jan2020 https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001316?query=featured_home
7. Nanshan Chen et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. The Lancet –29 jan2020 https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30211-7/fulltext
8. Jasper Fuk-Woo Chan et al. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet –24 jan2020 https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30154-9/fulltext
9. Wang D et al. Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus-Infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA. 2020Feb https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2761044
10. Société française d’hygiène hospitalièrehttps://www.sf2h.net/avis-sf2h-2019-ncov-publication-de-28-janvier-2020
11. Xiaoboet al. Clinical course and outcomes of critically ill patients with SARS-CoV-2 pneumonia in Wuhan, China: a single-centered, retrospective, observational study Lancet RespirMed 2020 –21 fev2020 https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(20)30079-5/fulltext
12. ChaolinHuanget al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet –24 jan2020 https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext
13. Société française de microbiologie  https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/02/Fiche-nCOV-NL-14022020.pdf
14. https://www.pasteur.fr/fr/sante-publique/centres-nationaux-reference/materiel-biologique/comment-expedier-ses-echantillons
15. https://www.legifrance.gouv.fr/affichCodeArticle.do?idArticle=LEGIARTI000018530508&cidTexte=LEGITEXT000006072050&dateTexte=20080501
16. https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/330374/WHO-2019-nCoV-laboratory-2020.1-eng.pdf
17. Chu CM et al. Role of lopinavir/ritonavir in the treatment of SARS: initial virologicaland clinical findings. Thorax Mar 2004 https://thorax.bmj.com/content/59/3/252
18. Arabi YM et al. Treatment of Middle East Respiratory Syndrome with a combination of lopinavir-ritonavir and interferon-β1b (MIRACLE trial): study protocol for a randomized controlled trial. Trials Jan 2018 https://trialsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13063-017-2427-0
19. Maria L. Agostini et al. Coronavirus Susceptibility to the Antiviral Remdesivir(GS5734) Is Mediated by the Viral Polymerase and the Proofreading Exoribonuclease. mBio –Mar 2018 https://mbio.asm.org/content/9/2/e00221-18.long
20. Sheahan TP  et al. Comparative therapeutic efficacy of remdesivirand combination lopinavir, ritonavir, and interferon beta against MERS-CoV. Nat Commun–10 Jan 2020  https://www.nature.com/articles/s41467-019-13940-6
21. Santé publique France, documentation https://partage.santepubliquefrance.fr/public/folder/1COECj7hj0K9Y0jGNeT0sQ/Novel%20Coronavirus_Daily%20Article%20List_February%202020

Contributions : JM Chapplain-G Mellon (Mission COREB), S van der Werf(CNR coronavirus), B Grandbastien(SF2H), B Hoen (SPILF Emergences),D Malvy -D Nguyen (ESR Bordeaux) et infectiologues réf. ESR